Die Klinikgeschäftsführung kümmert sich um alle wirtschaftlichen und strukturellen Belange der Klinik. Sie behält die Klinik als Ganzes im Auge und sorgt mit ihrer Arbeit dafür, die Klinik für die Zukunft zu entwickeln. Zudem arbeitet sie eng mit der Pflegedirektion und der Ärztlichen Direktion zusammen. Der Klinikgeschäftsführer wird von mehreren lokalen und regionalen Spezialist:innen unterstützt, die gemeinsam mit ihr zentrale Richtlinien von Helios, rechtliche Vorschriften und medizinische Handlungsempfehlungen umsetzen. Dabei besteht ein regelmäßiger und enger Austausch mit anderen Kliniken sowie der Unternehmenszentrale in Berlin. Als erster Klinikgeschäftsführer ist Tobias Spotka in der Helios Klinik Köthen tätig.
Die Ärztliche Direktorin gehört gemeinsam mit der Pflegedirektion und der Klinikgeschäftsführung zur Klinikleitung. Sie vertritt alle Mediziner der Klinik und setzt mit ihnen aktuelle Leitlinien und Handlungsempfehlungen um. Die Ärztliche Direktorin ist mit den Chefärzten für die medizinische Qualität in der Klinik verantwortlich. Die Ärzte arbeiten eng mit Gremien der nationalen Fachverbände sowie Fach- und Arbeitsgruppen der Helios-Kliniken zusammen. Dazu zählt auch, dass kritische Fälle oder besonders schwere Erkrankungsfälle in sogenannten Mortalitäts- und Morbitätskonferenzen unter der Leitung der Ärztlichen Direktion mit allen Ärzten der Klinik besprochen werden. Dies ist ein wesentlicher Bestandteil der medizinischen Qualitätssicherung in unserer Klinik.