Um unsere Kliniken erfolgreich zu steuern, sind die Helios Kliniken regional organisiert: Die Regionalstruktur, bestehend aus insgesamt vier Regionen mit einer jeweils eigenen Regionalgeschäftsführung, ermöglicht kurze Entscheidungswege und bringt organisatorische wie auch unternehmerische Vorteile. Die Kliniken können ihr medizinisches Leistungsportfolio aufeinander abstimmen und in vielen Bereichen eine regionale Arbeitsteilung vornehmen. Die unternehmerische Verantwortung liegt bei den Klinikgeschäftsführern und dem jeweiligen Regionalgeschäftsführer. Die Regionalgeschäftsführer gehören der erweiterten Helios Unternehmensgeschäftsführung (EGF) an.
Darüber hinaus gibt es Medical Consultants, die die Geschäftsführung sowie die Regionalgeschäftsführung in allen medizinischen Fragen beraten.
Die Unternehmenszentrale in Berlin unterstützt mit den Zentralen Diensten die Regionen bei übergeordneten Aufgaben wie Strategie, Personalmanagement, Recht, Einkauf, Controlling, Unternehmenskommunikation und Marketing.