Der Magen wird kurz unterhalb der Speiseröhre abgetrennt, so dass nur noch ein kleiner Restmagen im Anschluss an die Speiseröhre verbleibt (ca. 30 - 50 ml).
Dann wird der Dünndarm durchtrennt und das eine Ende an den kleinen Restmagen genäht. Das andere Ende (der Teil, der in Verbindung zum Magenausgang und dem Großteil des Magens steht) wird weiter unten wieder mit dem Dünndarm verbunden. Durch den Magenbypass werden ein Großteil des Magens und ein Teil des Dünndarms umgangen. Die Nahrung gelangt nur in den oberen Teil, den Vormagen (Fassungsvermögen 30 - 50 ml), der rasch Sättigung signalisiert, und wird dann durch eine Dünndarmschlinge am restlichen Magen vorbei geleitet.
Die zur Fettverdauung notwendigen Verdauungssäfte aus Bauchspeicheldrüse und Galle treffen erst weiter unten im Darm auf den Speisebrei. Für die Fettverdauung steht somit ein wesentlich kürzerer Darmabschnitt zur Verfügung, was dazu führt, dass ca. 40% des Fettes aus der Nahrung nicht verdaut und ausgeschieden werden. Da der Restmagen nicht entfernt wird, lässt sich der ursprüngliche Zustand wiederherstellen.
