Für die Untersuchung benutzt der Arzt ein Endoskop. Dabei handelt es sich um einen biegsamen Schlauch, der etwa einen Zentimeter im Durchmesser misst. Werden nur After oder Enddarm untersucht, wird mitunter auch ein starres Endoskop verwendet.
Im Inneren des Schlauchgerätes verlaufen mehrere dünne Kanäle. An der Spitze des Endoskopes befindet sich ein kleiner Mikrochip, der wie eine Miniaturkamera die Bilder im Inneren des Körpers aufnimmt und direkt auf einem Monitor angezeigt. Durch den anderen Kanal, den sogenannten Arbeitskanal, können beispielsweise eine winzige Zange oder Schlinge vorgeschoben werden, um Gewebeproben zu entnehmen.